Milano è servita da due aeroporti principali, Malpensa e Linate, e da alcuni scali minori, tra cui l'aeroclub di Milano-Bresso. La città è servita anche da altri aeroporti vicini come, quello di Bergamo-Orio al Serio a cui si aggiungono anche altri aeroporti minori della Lombardia, come quelli di Varese e di Voghera, non molto distanti. I principali aeroporti sono collegati tra loro dai trasporti locali e sono ambedue gestiti dalla SEA (Società Esercizi Aeroportuali S.P.A).

L'aeroporto di Milano-Malpensa (MXP) è il più grande aeroporto della regione e il principale scalo nazionale e internazionale del nord Italia (insieme a Fiumicino, Malpensa è il maggiore aeroporto della nazione). La distanza con Milano centro è di circa 45 km. La località di Malpensa, una frazione della provincia di Varese, le ha dato il nome, nonostante la completa struttura è talmente grande da essere vicina anche ad altri paesi, tra cui Cardano al Campo e Somma Lombardo.

Il traffico di passeggeri in transito negli ultimi anni è stato di circa 24 milioni di persone (dati 2007). Nel 2008 l'aeroporto è stato al centro di una grande trasformazione logistico-amministrativa, che ne ha redistribuito gli sviluppi futuri. L'aeroporto di Malpensa è organizzato in due terminali, che servono sia i voli commerciali che quelli cargo. Il terminale 1 ospita i voli internazionali e intercontinentali, compresi i voli di linea e i voli charter. Vi troviamo inoltre due distinte aeree: area Schengen (A) e area extra-Schengen (B). Il terminale 2 è dedicato ai voli Low Cost.

L'aeroporto di Linate (LIN) è il secondo maggiore aeroporto di Milano, usato in particolare per il traffico nazionale e Low Cost, ma anche per i voli europei di breve distanza. Situato a pochissimi chilometri dal capoluogo, nel comune di Linate, porta il nome di Enrico Forlanini, il pioniere dell'aviazione italiana. I dati del 2008 riportano un traffico passeggeri di oltre 9,266 milioni. Nasce negli anni trenta, secondo un progetto che prevedeva l'edificazione di uno dei più grandi aeroporti d'Europa, accostato ad uno dei primi aerodromi del mondo, quello di Taliedo. Ristrutturato negli anni '50 e '80, venne identificato negli anni sessanta come l'aeroporto nazionale per eccellenza, portando Malpensa a divenire il più grande aeroporto internazionale del nord Italia.